Papa Benedikt XVI. je 1. veljače 2011. godine službeno osnovao Vojni ordinarijat za Bosnu i Hercegovinu te imenovao prvog vojnog ordinarija, mons. Tomu Vukšića.
Ovim je činom započelo novo razdoblje organiziranog dušobrižništva za katoličke vojnike u BiH, koje se prvi put pojavilo još dolaskom austro-ugarske vlasti, a trajalo je sve do kraja Drugog svjetskog rata. Tijekom Domovinskog rata, dušobrižništvo je ponovno oživjelo, a u modernom obliku nastavlja se do danas, kako stoji u Liturgijskom vodiču izdanom povodom ređenja vojnog ordinarija mons. Mire Relote.
Ured katoličkog dušobrižništva u Bosni i Hercegovini formalno je utemeljen 11. rujna 2007. zaključivanjem Sporazuma o uspostavi i djelovanju katoličkog dušobrižništva između Vijeća ministara BiH i Vrhbosanske nadbiskupije. Daljnji značajan korak bio je potpisivanje međunarodnog Ugovora između BiH i Svete Stolice 8. travnja 2010. godine, koji je ratificiran 7. srpnja 2010.
Prvi vojni ordinarij, mons. Toma Vukšić, zaređen je za biskupa 2. travnja 2011. u mostarskoj katedrali Marije Majke Crkve. Danas Vojni ordinarijat pokriva cijelu teritoriju BiH i skrbi za duhovne potrebe katolika u Ministarstvu obrane i Oružanim snagama BiH, kao i za članove njihovih obitelji. U svim vojnim objektima gdje djeluju katolici, dostupni su uredski prostori za vojne kapelane, uređene kapelice te se redovito održavaju svete mise, duhovne pripreme i pokornička bogoslužja pred Uskrs i Božić, uz obilježavanje zapovjednih svetkovina.
Vojni ordinarijat aktivno sudjeluje na međunarodnim susretima vojnih biskupa u Rimu i drugdje, organizira godišnja vojna hodočašća u Lourdes (Francuska) i Mariju Bistricu (Hrvatska), te sudjeluje u molitvenim pohodima poput pohoda na Bobovac (općina Vareš). Osim toga, vodi humanitarne akcije, koordinira distribuciju katoličkog tiska, duhovne vježbe, hodočašća, susrete, predavanja i konferencije, u suradnji s vojnim kapelanima, župama i biskupijama diljem BiH.
Današnji vojni ordinarij, mons. Miro Relota, imenovan je 21. studenoga 2025. godine za biskupa od strane pape Lava XIV., čime se nastavlja tradicija posvećenog dušobrižništva za katoličke vojnike u Bosni i Hercegovini.
